巴拿马政府已经批准了一项修改巴拿马运河收费结构的建议，修改后集装箱船费用变少，而液化天然气和液化石油气运输商会支付更多费用。

根据运营管理局（ACP）董事会的建议，新结构计划于2017年10月1日开始运行生效，旨在维护水路的竞争力。

对于集装箱船舶部分，获批的收费结构在回程航行时为每个装载集装箱的船只提供了根由吸引力的价格，仅适用于在运河路线上部署头程和回程的新巴拿马型船（Neopanamax），而且北行航线的利用率要高于或等于70%；北行与南行过境时间不超过28天。

为了促进使用巴拿马海运枢纽提供的服务，船只在巴拿马航运码头进行与港口有关的活动所需的任何其他时间不会增加到28天。

ACP的收费建议最初设定了25天作为回程航班的最长时间。在对咨询期间收到的意见进行评估后，决定将此时限延长至28天。

ACP说，集装箱和散货船以前是其他市场的一部分，现在将被重新分类为通用干货船，从而形成更具吸引力的关税。这一改变是根据客户在2015年收费听证和咨询过程中提交的请求而做出的，而且集装箱和散货船都以类似于通用干货船的方式运作。

此外，新结构修改了向LNG和液化石油气船收取的费用。

目前的巴拿马运河收费结构是从2016年4月1日宣布扩建起实行的，要求每艘船只按不同的计量单位进行定价。例如，干散货船的授给是基于载重吨位的能力和货物的吨数；LNG和液化石油气船只以立方米为单位；油罐船通过巴拿马运河通用测量系统（PC/UMS）和货物吨数进行测量和定价；集装箱船按标准货物单位进行衡量和定价；客船是基于泊位或PC/UMS。目前的结构还首次包含了集装箱船的客户忠诚度计划，一旦达到特定的TEU体积，那么频繁的集装箱客户就会收到溢价。

但是，在对客户进行这些会议之后获得的反馈以及新巴拿马型船锁的当前利用率和生产率进行了彻底分析之后，ACP认为有必要为扩建巴拿马运河的最大用户集装箱船行业提供额外的福利。